Регистрация на пассажирские рейсы Atlas Air организована в специально выделенных зонах аэропорта или закрытых терминалах бизнес-авиации. Пассажирам необходимо прибыть за 3 часа до вылета. Для прохождения формальностей нужно предъявить паспорт и документы, подтверждающие статус участника чартерной группы.
Электронная онлайн-регистрация на сайте недоступна ввиду специфики корпоративных перевозок. Посадочные талоны оформляют сотрудники авиакомпании на стойке регистрации или же их выдает руководитель группы. Посадку на борт завершают строго за 40 минут до вылета.